We wrześniu 1980 roku, wykorzystując fakt, że sytuacja w Iranie nadal była niestabilna, przywódca Iraku, Saddam Hussein, postanowił zdobyć terytoria, o które od wielu lat te kraje wiodły spór. Wojna z Irakiem (1980-88) nie tylko nie rozbiła muzułmańskiego reżimu, lecz zjednoczyła naród irański w poparciu dla jego przywódców. Najpierw wojska irańskie powstrzymały atak napastnika, a następnie same przystąpiły do ofensywy. Jednak polityka zagraniczna Iranu przysporzyła mu wielu wrogów i ostatecznie pomoc innych państw arabskich udzielona Irakowi, jak również ochrona, jakiej Amerykanie udzielili irackim okrętom, przechyliły szalę zwycięstwa na korzyść Iraku. Iran zmuszony był podpisać rozejm w 1988 roku. W 1990 roku zawarto układ pokojowy. Chomejni zmarł w 1989 roku, co nie wpłynęło w jakiś dramatyczny sposób na kształt irańskiej rewolucji. Przed śmiercią ajatollah wydał wyrok śmierci - tzw. fatwę - na pisarza Salmana Rushdiego, którego książkę - Szatańskie wersety - uznał za obrazoburczą wobec islamu. Od tej pory Rushdie, który jest obywatelem brytyjskim, musi się cały czas ukrywać w obawie przed śmiercią z rąk jakiegoś muzułmańskiego fanatyka. Tego typu poczynania Iranu są trudne do zaakceptowania w świetle prawa międzynarodowego, jednak w ostatnich latach obserwuje się proces wychodzenia z izolacji międzynarodowej i nieznacznej liberalizacji polityki wewnętrznej tego kraju.